Las principales características de los ecosistemas acuáticos son:
- Su biotopo está cubierto por agua.
- Sus condiciones ambientales, especialmente la de los océanos, son bastante estables.
- El agua, aunque permite que puedan flotar los seres vivos, también ofrece resistencia a su desplazamiento.
- Sus principales condicionantes son:
- Corrientes de agua. Las corrientes marinas transportan los nutrientes necesarios para los seres vivos. La mayor parte de los organismos viven en las zonas superficiales del océano.
- Salinidad. Según la concentración de las sales disueltas en agua, se distinguen:
- Ecosistemas acuáticos de agua salada (marinos).
- Ecosistema acuáticos de agua dulce.
- Ecosistemas acuáticos de agua salobre.

Algunos de los principales ecosistemas de agua salada son:
- Ecosistemas en los acantilados. El oleaje golpea contra las rocas y, junto con las corrientes marinas, hace que los organismos que estén adaptados a vivir allí tengan que fijarse fuertemente a las rocas, con filamentos pegajosos como los mejillones o con ventosas como las lapas.
- Ecosistemas en las playas. Viven organismos filtradores, como almejas y otros moluscos, que se alimentan filtrando el agua. También hay plantas acuáticas, como la posidonia.
- Ecosistemas en alta mar. Es la zona más amplia, y los animales suelen estar en la zona fótica, la zona iluminada por los rayos solares. Hay mucha diversidad de especies: ballenas, delfines, peces, etc.
- Ecosistemas en los arrecifes de coral. En zonas de poca profundidad de regiones tropicales puede haber arrecifes de coral con una gran biodiversidad, con esponjas, pólipos, peces, crustáceos, moluscos, etc.
- Ecosistemas de la llanura abisal. En el fondo del mar, donde no llega la luz solar, los animales tienen que adaptarse a la oscuridad total. Algunos tienen órganos que producen luz.
Ecosistemas de agua dulce
Las principales características de los ecosistemas de agua dulce son:
- Tiene una baja concentración de sales disueltas.
- Son menos profundos que los ecosistemas marinos.
- En las zonas polares y en las de alta montaña, el agua dulce se puede encontrar en forma de hielo.
Algunos de los principales ecosistemas de agua dulce son:
- Ecosistemas en los ríos. En los tramos altos de los ríos, el agua circula a gran velocidad por la elevada pendiente. Los organismos tienen que estar fuertemente fijados al sustrato o nadar contracorriente. En los tramos medios y bajos, las aguas son más tranquilas y hay mayor diversidad de especies, con muchos invertebrados y peces. Además, el bosque de ribera también alberga numerosa fauna y flora cuya vida depende del río.
- Ecosistemas en los humedales. Son zonas húmedas con aguas estancadas, de poca profundidad, pero con una gran biodiversidad de aves, invertebrados, anfibios, etc.
- Ecosistemas en los lagos. Gran diversidad de especies en estas masas de agua que pueden ser bastante extensas y profundas.
